Protocolos definidos para cada indicação clínica.

No Brasil, a EMT superficial é reconhecida pelo Conselho Federal de Medicina para depressões unipolar e bipolar, alucinações auditivas associadas às esquizofrenias e planejamento de neurocirurgia. Outras aplicações precisam respeitar o caráter e as exigências regulatórias correspondentes.

A indicação depende do diagnóstico, do histórico, dos tratamentos anteriores, das condições de segurança e do tipo de equipamento e protocolo aplicável.

Os protocolos variam em alvo cerebral, intensidade, padrão de pulsos e número de sessões. Em muitos casos há uma fase inicial com sessões seriadas; a frequência é determinada somente depois da avaliação, sem calendário fixo prometido antecipadamente.

Após a fase inicial, a resposta é reavaliada. Sessões de manutenção podem ser consideradas em situações selecionadas, com periodicidade individualizada e revisão contínua da necessidade.

Histórico clínico, medicamentos, presença de implantes e outras condições precisam ser avaliados. Algumas pessoas sentem desconforto no couro cabeludo ou cefaleia, e os riscos devem ser discutidos individualmente.